Saviola estreou pelo River Plate com 16 anos em 1998 e ajudou a equipe argentina a vencer os torneios Apertura de 1999 e Clausura de 2000. Marcou 44 gols em 86 jogos pelo River e foi eleito Jogador Sul-Americano de 1999. Em 2001 foi contratado pelo Barcelona por 35,9 milhões de euros. Sua carreira no clube catalão passou por altos e baixos e o argentino ficou como opção secundária para o ataque por um bom tempo. No total, marcou 49 gols em 149 partidas com o Barcelona. Também esteve emprestado ao Monaco e ao Sevilla durante seu período com contrato com a equipe catalã. Joga desde 2007 no Real Madrid, mas atuou em apenas 28 jogos desde que chegou ao clube de Madri.