Com vínculo firmado com o Santos desde o final de fevereiro, Zé Rafael encerrou o primeiro semestre de 2025 como um dos principais nomes do elenco alvinegro. Aos 31 anos, o volante chegou ao clube após saída do Palmeiras, enfrentando inicialmente uma recuperação física exigente, já que estava afastado dos gramados havia cinco meses devido a uma cirurgia na coluna.
Apesar das limitações iniciais, o meio-campista conquistou espaço rapidamente no time comandado por Cléber Xavier. Em apenas seis jogos disputados, tornou-se titular absoluto, se destacando em um setor com forte concorrência, que conta com jogadores como Rincón, Pituca, Gabriel Bontempo e o lesionado João Schmidt. Conforme o próprio clube, sua estreia foi no empate contra o Ceará, no Allianz Parque, e desde então, consolidou-se como peça-chave na equipe.
Enquanto o Santos ocupa atualmente a 15ª colocação no Campeonato Brasileiro, com 11 pontos — mesma pontuação do Internacional, que abre a zona de rebaixamento — a atuação de Zé Rafael tem se sobressaído em meio às dificuldades. Sua performance ajudou o time a sair temporariamente do Z-4, mesmo que a ameaça de rebaixamento ainda permaneça latente.
A recepção da torcida santista reflete esse cenário. Em enquete promovida pela Gazeta Esportiva, mais de 56% dos participantes avaliaram o semestre de Zé Rafael como "ótimo", enquanto cerca de 35% apontaram como "bom". Apenas uma parcela mínima o classificou de forma negativa. Essa aprovação tem repercutido de forma expressiva entre os torcedores nas redes sociais e portais especializados.
O jogador, contratado por R$ 15,5 milhões, entrou em férias juntamente com o restante do elenco no dia 13 de junho, devido à paralisação dos torneios por conta do Super Mundial, e tem retorno previsto ao CT Rei Pelé para sexta-feira (27 de junho). A equipe volta a campo diante do Palmeiras, pela 13ª rodada do Brasileirão.