O Campeonato Cearense 2013 terá quatro fases distintas: primeira fase, segunda fase, semifinais e finais. Na primeira etapa, apenas nove clubes participam, já que Ceará e Fortaleza jogam a Copa do Nordeste.
Os nove times se enfrentam em turno e returno; ao término de 18 rodadas, os seis melhores vão à segunda fase, e os dois últimos são rebaixados.
Para a segunda fase, o 1º colocado da primeira fase já começa com 2 pontos de bonificação, enquanto o 2º colocado da primeira fase começa com 1 ponto de bonificação. Nesta etapa, os oito clubes se enfrentam em ida e volta; após 14 rodadas, os quatro melhores avançam às semifinais.
Nas semifinais, o primeiro colocado da segunda fase enfrentará o quarto, e o segundo enfrentará o terceiro. A fase terá jogos de ida e volta, sendo o mando do segundo jogo de cada chave de propriedade da equipe com a melhor campanha. Avançará a equipe com o melhor saldo de gols no playoff. Os times de melhor campanha também têm vantagem em caso de empate. Os critério se repetem para as finais, com jogos de ida e volta.
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