A década de 1990 marcou o início do declínio da empresa, envolta em dívidas e crises. Em 2005, a companhia entrou em recuperação judicial e, no ano seguinte, foi separada em duas empresas, uma vendida e absorvida pela Gol e outra para a Volo Brasil. Em 20 de agosto de 2010, foi decretada a falência da Varig.
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