A aproximação com os soviéticos acirrou ainda mais a tensão com os EUA, que decretaram o embargo econômico aos cubanos. No mesmo período, a URSS instalou mísseis na ilha, o que, pela posição geográfica, permitia atingir os EUA. A questão ficou conhecida como a Crise dos Mísseis. Pouco depois, a Organização dos Estados Americanos (OEA) excluiu Cuba do comércio entre os seus países afiliados. Fidel foi obrigado a negociar com a Ásia e o leste europeu. A Igreja Católica também praticamente excomungou o líder revolucionário de suas relações.
No final dos anos 80 e início dos 90, com a dissolução da União Soviética, os cubanos se viram mais isolados do que nunca. Não podiam mais exportar açúcar para a URSS por preços altos nem importar combustível abaixo do valor de mercado. A Perestroika (abertura) dos soviéticos, acabou prejudicando Cuba.
O último episódio da relação tempestuosa entre cubanos e norte-americanos ocorreu pela briga por Elián González, um menino sobrevivente de um naufrágio quando tentava fugir com a família da ilha. O garoto acabou em Miami com familiares, mas a Justiça deu ganho de causa a Cuba. Elián virou herói nacional.
Nos últimos anos, Cuba segue tentando sobreviver apesar do embargo econômico dos EUA e começa a dar indícios de uma possível abertura. Fidel já esteve no Vaticano com o Papa, que devolveu a visita pouco depois. O próprio Santo Padre criticou o embargo americano. Na Cúpula do Milênio de Nova York, no ano 2000, Fidel trocou um cumprimento com Bill Clinton, então presidente dos EUA. Mais um passo para a suspensão do embargo de quase 30 anos.
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