Em novembro de 1905, o prédio recebeu a primeira coleção de 26 quadros, depois de ter passado por uma obra de adaptação. Há pouco tempo, a Pinacoteca passou por uma grande reforma em suas instalações. O acervo do museu, que possui mais de 5 mil peças entre esculturas, pinturas, gravuras e desenhos, fica no segundo andar.

São obras de extrema importância para a arte paulista, já que o acervo reúne trabalhos de artistas do estado como Almeida Júnior, Pedro Alexandrino e Oscar Pereira da Silva, além de obras de Cândido Portinari, Tarsila do Amaral e Victor Brecheret. No primeiro andar, o visitante pode apreciar as exposições temporárias do museu, pelo qual já passaram mostras de Rodin e Miró. Além das salas de exposição, o museu tem também cafeteria, biblioteca, restaurante e um auditório para 150 pessoas.