Suharto foi um dos poucos militares que sobreviveram à tentativa de golpe que tentou derrubar o então presidente Sukarno em 30 de setembro de 1965. Após o golpe, que matou seis de seus generais, Sukarno concede a Suharto o comando do exército e ele iniciou uma onda de represálias ao Partido Comunista Indonésio, responsável pelo golpe. Os ataques deixaram pelo menos 500 mil mortos – algumas estimativas apontam que até 2 milhões de rebeldes foram assassinados. O contragolpe é considerado um dos maiores massacres do século 20.
Suharto assumiu o comando de fato do país, mas só sucedeu Sukarno como presidente oficial em 1968. Em 1975, o vizinho Timor Leste declarou sua independência de Portugal. Contudo, sob o temor de que o país se torne comunista, Suharto ordenou a invasão do Timor Leste – apoiada pelos EUA. Cerca de 60 mil timorenses morrem nos primeiros dois meses que seguiram à invasão. No total, 250 mil pessoas morreram devido à ocupação, que durou 24 anos.
Entre outras violentas medidas de repressão, em 1985, ele ordenou a execução sumária de 5 mil criminosos em uma tentativa de diminuir o crime na ilha de Java. Em 1990, separatistas da província de Aceh, na ilha de Sumatra, foram reprimidos pelo governo em conflitos que deixaram aproximadamente outros 5 mil mortos. Suharto renunciou em 1998 após uma série de protestos tomar conta do país. Ele morreu em 2008, após sofrer uma série de complicações de saúde.