Regulamento
Primeira fase - Grupos
Os 96 participantes estarão divididos em 24 grupos com quatro clubes cada. Dentro de cada um, as equipes jogarão entre si, em turno único. Avançam à fase seguinte os campeões de cada chave, além das oito melhores campanhas de toda a fase entre os segundos colocados, totalizando 32 participantes.
Caso haja de igualdade de pontos entre duas ou mais equipes ao final da fase de grupos, o critério de desempate adotado, pela ordem, é:
a) Maior número de vitórias
b) Maior saldo de gols
c) Maior número de gols marcados
d) Menor número de cartões vermelhos recebidos
e) Menor número de cartões amarelos recebidos
f) Confronto direto (somente no empate entre dois clubes do mesmo grupo dentro dos critérios anteriores)
g) Sorteio na FPF
Segunda fase (1/32 de final)
É disputada em jogo eliminatório único (conforme confrontos dispostos abaixo), onde o vencedor avança às oitavas de final. Em caso de empate no tempo normal, a equipe classificada será conhecida após a disputa de pênaltis.
Partida 1 - 1º A X 1º B
Partida 2 - 1º C X 1º D
Partida 3 - 1º E X 1º F
Partida 4 - 1º G X 1º H
Partida 5 - 1º I X 1º J
Partida 6 - 1º K X 1º L
Partida 7 - 1º M X 1º N
Partida 8 - 1º O X 1º P
Partida 9 - 1º Q X 1º melhor 2º colocado
Partida 10 - 1º R X 2º melhor 2º colocado
Partida 11 - 1º S X 3º melhor 2º colocado
Partida 12 - 1º T X 4º melhor 2º colocado
Partida 13 - 1º U X 5º melhor 2º colocado
Partida 14 - 1º V X 6º melhor 2º colocado
Partida 15 - 1º W X 7º melhor 2º colocado
Partida 16 - 1º X X 8º melhor 2º colocado
Terceira fase - Oitavas de final
As equipes se enfrentam no mesmo sistema da fase anterior: partida única e eliminatória, com o vencedor avançando às quartas de final, em confrontos dispostos desta forma:
Partida 17 - Vencedor partida 1 X Vencedor partida 2
Partida 18 - Vencedor partida 3 X Vencedor partida 4
Partida 19 - Vencedor partida 5 X Vencedor partida 6
Partida 20 - Vencedor partida 7 X Vencedor partida 8
Partida 21 - Vencedor partida 9 X Vencedor partida 10
Partida 22 - Vencedor partida 11 X Vencedor partida 12
Partida 23 - Vencedor partida 13 X Vencedor partida 14
Partida 24 - Vencedor partida 15 X Vencedor Partida 16
Quarta fase - Quartas de final
Mantém-se o sistema eliminatório em jogo único, com o vencedor de cada confronto avançando às semifinais.
Partida 25 - Vencedor partida 17 X Vencedor partida 18
Partida 26 - Vencedor partida 19 X Vencedor partida 20
Partida 27 - Vencedor partida 21 X Vencedor partida 22
Partida 28 - Vencedor partida 23 X Vencedor partida 24
Quinta fase - Semifinal
As equipes vitoriosas nos dois confrontos, ambos disputados em partida única, fazem a final da competição.
Partida 29 - Vencedor partida 25 X Vencedor partida 26
Partida 30 - Vencedor partida 27 X Vencedor partida 28
Sexta fase - Final
Disputada no Estádio do Pacaembu, a final da Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2012 acontece em 25 de janeiro, aniversário da cidade de São Paulo. Em partida única, a equipe vencedora será sagrada como a campeã do torneio - como nas fases eliminatórias anteriores, a decisão vai aos pênaltis em caso de empate no tempo normal.