Calcula-se que 98% de toda a vegetação do cerrado de altitude esteja na Chapada dos Veadeiros. O cerrado faz a festa dos botânicos e ecologistas, surpreendendo pela biodiversidade. Mas a fauna deste paraíso já conhece a temível extinção de várias espécies. Na lista de desaparecidos, destacam-se o lobo-guará, a onça parda, o gavião real, além de diversos tipos de veados.
Fugindo da ameaça, os animais maiores se abrigam em locais afastados dos humanos. É nas entranhas da Chapada dos Veadeiros que se escondem a anta, a capivara, o quati, a onça preta, a onça pintada, o veado catingueiro, o tamanduá-bandeira e o tamanduá-mirim. O controle do Ibama garante que estas espécies ainda sobrevivam nos lugares mais escondidos da Chapada e espera-se que lá permaneçam sem serem importunadas.
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