Logo após proclamar sua independência, o Tadjiquistão se envolveu em uma sangrenta guerra civil de 1992 a 1997 entre as diversas facções do país que deixou mais de 100 mil mortos e levou a grande maioria da população não muçulmana a deixar o país. Desde 1994 no poder, Emomali Rahmon se mantém no cargo através de eleições democráticas, mas marcadas por acusações de corrupção e boicotes. Em 1999, Rahmon foi reeleito com 98% dos votos válidos