Os programas de criptografia são utilizados, dentre outras finalidades, para decodificar mensagens criptografadas, recebidas por um usuário, no momento em que este desejar lê-las.

Ao utilizar um programa de criptografia para decodificar uma mensagem, é possível que o programa de e-mail permita salvar a mensagem no formato decodificado, ou seja, em texto claro. No caso da utilização de programas de e-mail com esta característica, a privacidade do conteúdo da mensagem é garantida durante a transmissão da mensagem, mas não necessariamente no seu armazenamento.

Portanto, é extremamente importante o usuário estar atento para este fato, e também certificar-se sobre o modo como suas mensagens estão sendo armazenadas. Como uma mensagem pode ser decodificada sempre que o usuário desejar lê-la, é aconselhável que ela seja armazenada de forma criptografada e não em texto claro.