O polêmico rebaixamento de Gama à segunda divisão em 1999 levou o Clube dos 13 de volta ao papel de organizador do Campeonato Brasileiro no ano seguinte. Pela escalação irregular de Sandro Hiroshi em dois jogos, o São Paulo perdeu quatro pontos, que foram repassados a Internacional (2) e Botafogo (3), livrando o time carioca do rebaixamento.
Sem aceitar a decisão do tribunal, a equipe do Distrito Federal recorreu à Justiça Comum em processo que se estendeu por vários meses. Como em junho o processo ainda não havia sido julgado em todas as instâncias, a CBF foi impedida de organizar a próxima edição, que teria a inclusão do Gama graças a uma liminar. O temor de novas decisões unificou todas as divisões no mesmo torneio.
Impossibilitado de poder aplicar os critérios de acesso e rebaixamento do ano anterior, o Clube dos 13 organizou o maior Brasileiro de todos os tempos, com 116 times de três divisões, divididos em quatro módulos (azul, amarelo, verde e branco) na primeira fase. Sem a "assinatura" da CBF, o torneio se chamou Copa João Havelange, em homenagem ao ex-presidente da CBF e da Fifa.
Em campo, mais polêmica. A fase final reuniu 16 clubes, sendo 12 do módulo azul, três classificados pelo amarelo e o vencedor da disputa entre os primeiros colocados do verde e do branco. Na decisão entre Vasco e São Caetano, uma semana após empate por 1 a 1 no Palestra Itália, uma parte da grade de separação entre torcida e gramado de São Januário cedeu e muitos torcedores ficaram feridos no campo de jogo. Na época, comentava-se que o estádio tinha mais ocupantes do que sua capacidade máxima.
Depois de muita discussão em quase duas horas, o governador Anthony Garotinho decidiu suspender o jogo, para irritação do presidente vascaíno Eurico Miranda. Em meio à possibilidade de punição do mandante e título antecipado do São Caetano, previstos no regulamento, foi marcada uma nova partida no Maracanã no dia 18 de janeiro do ano seguinte, após uma série de reuniões, que terminou com vitória por 3 a 1 dos mandantes, que levaram a polêmica edição.
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